Struktur Organisasi Dinas Perikanan Kabupaten Natuna terdiri dari :
- Kepala Dinas
- Sekretaris :
- Bagian Umum dan Kepegawaian
- Bagian Perencanaan dan Keuangan
- Bidang Pengelolaan Perikanan Tangkap
- Bidang Pengelolaan Daya Saing Produk Perikanan
- Bidang Pengelolaan dan Pemberdayaan Usaha Perikanan Budidaya
- Unit Pelaksana Teknis Balai Benih Ikan
- Kelompok Jabatan Fungsional.
